Se busca candidato para solicitar beca FPU y JAE-predoc para la realización de tesis doctoral

> Instituto: Grupo de Investigación de Degradación de Tóxicos.
> Estación Experimental del Zaidín,
> Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Granada.
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> Directores de tesis: Prof. Juan Luis Ramos Martín, Dra. Ana María
> Fernández Escamilla.
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> Dirigido a: Licenciados en Ciencias Biológicas, Químicas y Bioquímicas
> con expediente igual o superior a 2.5.
> (preferentemente habiendo finalizado o matriculados en Master)
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> Duración: 4 años
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> Interesados contactar con: Dr. Ana María Fernández Escamilla. e-mail:
> anamfe@eez.csic.es. Tel.: 958 18 16 00 ext. 106.
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> Palabras clave: Reguladores de la transcripción. Uso de técnicas de
> ingeniería genética para diseño, clonación, expresión y purificación
> de proteínas y sus mutantes de interés biotecnológico. Caracterización
> bioquímico-física (calorimetría, fluorescencia etc.) y estructural
> (cristalización de Rayos-X) de proteínas.
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> Tema del proyecto:
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> Los problemas de contaminación en nuestro planeta son cada vez más
> acuciantes. La biología y biotecnología ofrecen alternativas
> prometedoras para la eliminación de compuestos tóxicos recalcitrantes.
> Se ha puesto de manifiesto que algunas cepas de la especie P. putida son
> muy tolerantes a disolventes orgánicos. Estos microorganismos abren un
> abanico de oportunidades en investigación científica para resolver tanto
> preguntas de carácter básico relacionadas con la inusual capacidad de
> estos extremófilos, como en relación con el aprovechamiento industrial
> de estos microorganismos. Las bacterias tolerantes a disolventes
> orgánicos colonizan nichos invulnerables para otros microorganismos y
> eliminan tolueno y otros contaminantes (Ramos et al., J. Bacteriol.
> 177:3911). Además, se utilizan en el área de biotransformaciones con el
> objeto de producir productos de valor añadido a partir de tolueno y sus
> derivados (Ramos-González et al., Appl. Environ. Microbiol. 67:4388;
> Rojas et al., Appl. Environ. Microbiol. 70:3637; Meyer et al., Appl.
> Environ. Microbiol. 71:6624; Neumann et al. Appl. Environ. Microbiol.
> 71:1677). Pseudomonas putida DOT-T1E presenta la capacidad inusual de
> crecer en presencia de altas concentraciones de tolueno (90% v/v). Su
> tolerancia a tolueno está mediada por tres bombas que expulsan tolueno de
> la membrana celular, y por el empaquetamiento de la membrana tras la
> isomerización cis-trans de los ácidos grasos insaturados (Ramos et al.,
> J. Biol. Chem. 272:3887). La expresión de las bombas está controlada por
> los represores TtgR y TtgV, mientras que la isomerasa cis/trans (CTI) es
> un enzima constitutivo (Junker y Ramos, J. Bacteriol. 181:5963). Dichos
> represores contienen dos dominios, uno que actúa como sensor, al que se
> unen moléculas de señalización, y otro de unión a ADN. La unión de
> moléculas de señalización al dominio sensor, aumenta o reduce la
> afinidad del dominio de unión por el ADN en los sitios de reconocimiento
> de las regiones promotoras, modulando así la actividad transcripcional.
> La unión de efectores, generalmente los sustratos específicos de cada
> una de las bombas, al complejo proteína-ADN, causa la disociación de la
> proteína del ADN incrementando de este modo, la transcripción.  La
> unión de efectores a ambas proteínas causa la pérdida total de afinidad
> de la proteína por el ADN (Guazzaroni et al., 2005, Terán et al., 2006)
> además, experimentos de mutagénesis dirigida en ambos dominios, modulan
> la afinidad del otro dominio por su ligando, reduciendo lógicamente la
> afinidad por los efectores y al mismo tiempo por el ADN (Guazzaroni et
> al., 2005). Del mismo modo, mutantes realizados sobre el dominio de unión
> a ADN afectan la afinidad tanto por el ADN como por los efectores. Todo
> ello evidencia de modo indiscutible, la comunicación entre ambos dominios
> siendo necesario para la determinación de las bases moleculares del
> proceso, la realización de un estudio detallado mediante técnicas de
> ingeniería genética para la obtención, expresión y purificación de
> mutantes de los diferentes reguladores así como su caracterización
> biofísica utilizando entre otras técnicas, calorimetría isotérmica de
> titulación (ITC), fluorescencia y cristalización de rayos-X para la
> obtención de la estructura tridimensional.
> La información obtenida en este proyecto mejorará de modo substancial la
> comprensión del funcionamiento de reguladores de transcripción y su
> evolución lo cual es de gran relevancia biotecnológica por tratarse de
> reguladores pertenecientes a la cepa bacteriana Pseudomonas putida DOT-T1E
> que posee una alta tolerancia a solventes orgánicos, antibióticos y
> sustancias recalcitrantes.