Beca FPU

Se busca candidato para solicitar una beca FPU y JAE-predoc para la
realización de tesis doctoral

Instituto:

Grupo de Investigación de Degradación de Tóxicos Orgánicos.
Departamento de Protección Ambiental. Estación Experimental del Zaidín,
Granada (CSIC).

Directores de tesis:

Prof. Juan Luis Ramos Martín, Dra. Ana María Fernández Escamilla.

Tema del proyecto:

Los problemas de contaminación en nuestro planeta son cada vez más
acuciantes. La biología y biotecnología ofrecen alternativas
prometedoras para la eliminación de compuestos tóxicos recalcitrantes.
Se ha puesto de manifiesto que algunas cepas de la especie P. putida son
muy tolerantes a disolventes orgánicos. Estos microorganismos abren un
abanico de oportunidades en investigación científica para resolver tanto
preguntas de carácter básico relacionadas con la inusual capacidad de
estos extremófilos, como en relación con el aprovechamiento industrial
de estos microorganismos. Las bacterias tolerantes a disolventes
orgánicos colonizan nichos invulnerables para otros microorganismos y
eliminan tolueno y otros contaminantes (Ramos et al., J. Bacteriol.
177:3911). Además, se utilizan en el área de biotransformaciones con el
objeto de producir productos de valor añadido a partir de tolueno y sus
derivados (Ramos-González et al., Appl. Environ. Microbiol. 67:4388;
Rojas et al., Appl. Environ. Microbiol. 70:3637; Meyer et al., Appl.
Environ. Microbiol. 71:6624; Neumann et al. Appl. Environ. Microbiol.
71:1677). Pseudomonas putida DOT-T1E presenta la capacidad inusual de
crecer en presencia de altas concentraciones de tolueno (90% v/v). Su
tolerancia a tolueno está mediada por tres bombas que expulsan tolueno de
la membrana celular, y por el empaquetamiento de la membrana tras la
isomerización cis-trans de los ácidos grasos insaturados (Ramos et al.,
J. Biol. Chem. 272:3887).  La expresión de las bombas está controlada
por los represores TtgR y TtgV, mientras que la isomerasa cis/trans (CTI)
es un enzima constitutivo (Junker y Ramos, J. Bacteriol. 181:5963). Dichos
represores contienen dos dominios, uno que actúa como sensor, al que se
unen moléculas de señalización, y otro de unión a ADN. La unión de
moléculas de señalización al dominio sensor, aumenta o reduce la
afinidad del dominio de unión por el ADN en los sitios de reconocimiento
de las regiones promotoras, modulando así la actividad transcripcional.
La unión de efectores, generalmente los sustratos específicos de cada
una de las bombas, al complejo proteína-ADN, causa la disociación de la
proteína del ADN incrementando de este modo, la transcripción.  La
unión de efectores a ambas proteínas causa la pérdida total de afinidad
de la proteína por el ADN (Guazzaroni et al., 2005, Terán et al., 2006)
además, experimentos de mutagénesis dirigida en ambos dominios, modulan
la afinidad del otro dominio por su ligando, reduciendo lógicamente la
afinidad por los efectores y al mismo tiempo por el ADN (Guazzaroni et
al., 2005). Del mismo modo, mutantes realizados sobre el dominio de unión
a ADN afectan la afinidad tanto por el ADN como por los efectores. Todo
ello evidencia de modo indiscutible, la comunicación entre ambos dominios
siendo necesario para la determinación de las bases moleculares del
proceso,  la realización de un estudio detallado mediante técnicas de
ingeniería genética para la obtención, expresión y purificación de
mutantes de los diferentes reguladores así como su caracterización
biofísica utilizando entre otras técnicas, calorimetría isotérmica de
titulación (ITC), fluorescencia y cristalización de rayos-X para la
obtención de la estructura tridimensional.
La información obtenida en este proyecto mejorará de modo substancial la
comprensión del funcionamiento de reguladores de transcripción y su
evolución lo cual es de gran relevancia biotecnológica por tratarse de
reguladores pertenecientes a la cepa bacteriana Pseudomonas putida DOT-T1E
que posee una alta tolerancia a solventes orgánicos, antibióticos y
sustancias recalcitrantes.

Duración: 4 años

Más información sobre las becas:
http://www.csic.es/postgrado/info_gen_becas.htm,
http://www.educacion.es/educacion/universidades/convocatorias/titulados-doctores-profesores/fpu/convocatoria-2009.html.

Requisitos: Se valorará la capacidad de comunicación y el trabajo en
equipo. Se dará preferencia a candidatos con alta calificación media
(expediente mínimo de 2.5).

Interesados contacten con Dr. Ana María Fernández Escamilla.
e-mail: anamfe@eez.csic.es
tel. 958181600 ext.106